El quinto proceso de la metodología Ceneval es el más visible y corresponde a la aplicación. Este se lleva a cabo con procedimientos estandarizados antes, durante y después de la aplicación para anticipar situaciones que puedan afectar la homogeneidad de las condiciones. La aplicación está conformada por cinco fases:
a) Planeación y programación. Se inicia con la recepción de las solicitudes de aplicaciones en papel o en línea, a partir de las cuales se sistematizan las actividades que se deben llevar a cabo para atenderlas de manera oportuna y confiable.
b) Registro de sustentantes. En esta fase se obtienen datos de identificación de los sustentantes y a cada uno se le proporciona un folio único para identificarlo y asegurar que la calificación se asigne de manera correcta. Con esta información se conoce de manera precisa el número de sustentantes y se calcula la cantidad de recursos humanos y materiales, así como los espacios para la aplicación e infraestructura que se requerirán. Cuando los exámenes son propiedad del Ceneval, en esta fase también se obtienen sus respuestas al cuestionario de contexto y con esa información se desarrollan estudios de investigación educativa.
c) Capacitación y asignación de personal para la aplicación. Se recluta, selecciona, instruye, evalúa y designa a los responsables de la aplicación de los exámenes. Específicamente, con la capacitación se asegura que cuenten con los conocimientos y habilidades necesarios para desempeñar sus funciones, lo que contribuye al cumplimiento de los estándares de calidad y brinda condiciones equitativas a los sustentantes en la resolución de los instrumentos de evaluación.
d) Organización y distribución de materiales para la aplicación. Se asegura que se cuente con las provisiones necesarias para la distribución, entrega y resguardo de los materiales. Para la aplicación de exámenes impresos, dicho material consiste en hojas de respuestas y cuadernillos; mientras que la aplicación en línea requiere de nodos y dispositivos con un software de seguridad, así como otros materiales de apoyo. Asimismo, se hace un seguimiento al traslado de los materiales para reducir el riesgo de robo, pérdida o daño.
e) Ejecución y control de la aplicación. Se llevan a cabo procedimientos estandarizados para el manejo confidencial de las respuestas de los sustentantes y la devolución completa, segura y puntual de los materiales de aplicación. Con las actividades en esta fase se pretende asegurar que los sustentantes tengan las mismas oportunidades para demostrar sus conocimientos, habilidades o competencias; incluyen el traslado y llegada del personal de aplicación, la verificación del material recibido en la institución, el desarrollo de la aplicación, el cierre y la devolución de material al Centro. Durante la aplicación se realizan diversas actividades de control, monitoreo y vigilancia.