De acuerdo con la metodología Ceneval, el proceso que sigue de la aplicación de los exámenes es el procesamiento de la información y calificación, el cual consta de cinco fases:
a) Integración de bases de datos para el análisis estadístico y la calificación. En esta fase se consolidan las bases de datos que contienen información de la identificación de los sustentantes, su contexto y sus respuestas al examen. A partir de esta información se analizan estadísticamente los reactivos para identificar aquellos que presentan algún problema y se toman decisiones relacionadas con seleccionar los que conformarán la calificación y, en caso necesario, modificar las plantillas para que estén correctas y se pueda llevar a cabo la calificación. Antes se debe tomar en cuenta, entre otros aspectos, si se generó una o diferentes versiones para un mismo examen y el referente de calificación (normativo o criterial).
b) Establecimiento de estándares. Cuando se trata de exámenes con referente de calificación criterial se establecen estándares mediante un procedimiento sistemático que considera el juicio de expertos e implica que determinen, de manera colegiada, las puntuaciones límite (puntos de corte) entre dos o más niveles de desempeño para ubicar o clasificar el nivel de dominio de los sustentantes en un constructo dado de acuerdo con los conocimientos, las habilidades o las competencias que hayan demostrado.
c) Equiparación. Se lleva a cabo cuando se integraron diferentes versiones o cuando se requiere hacer comparaciones a lo largo del tiempo. La equiparación permite hacer intercambiables y comparables las puntuaciones entre dos o más versiones, con lo cual es posible contribuir a la equidad en las evaluaciones. El producto de esta fase es un algoritmo que describe el procedimiento para obtener las puntuaciones de diferentes versiones.
d) Calificación. Es una de las tareas cruciales dentro del proceso de desarrollo de un examen debido al impacto que tiene en los sustentantes, dado que a partir de las calificaciones las instituciones usuarias pueden determinar si los sustentantes ingresan a una institución educativa; obtienen un título profesional; cumplen con un requisito para egresar de una carrera universitaria; obtienen una certificación o un diagnóstico sobre los conocimientos, habilidades o competencias que han adquirido. El producto de esta fase es la aplicación del algoritmo de calificación conforme a los criterios establecidos en fases anteriores.
e) Validación de resultados. Para concluir el procesamiento de la información y calificación, se lleva a cabo esta fase, cuyo objetivo es asegurar que los puntajes de los exámenes se obtuvieron de manera correcta, proporcionando elementos de calidad y confiabilidad para la emisión de resultados. Permite identificar posibles errores en la obtención de los puntajes y corregirlos de forma oportuna para que las calificaciones se generen correctamente.